Na místě dnešního Pernerova mlýna stál v minulém století malý mlýn patřící Barboře Lindrové, který v roce 1831 koupil František Kříž a od něho pak V. Janovský. V listopadu 1877 mlýn vyhořel a spáleniště v dražbě koupil Ferdinand Perner, majitel továrny na cukrovarnické stroje v Týnci nad Labem. Stavbu nynější mlýnské budovy provedl podle dochované kroniky Pernerova mlýna pražský stavitel Blecha. V roce 1910 pověřili majitelé přístavbou obilného skladiště stavitele Sklenáře z Kolína. Následujícího roku byl mlýn vybaven novými stroji.
Poté, co Ferdinand Perner v roce 1914 zemřel, převzala chod mlýna jeho manželka Anna Pernerová, babička Pavla Hlouška, který se po 43 letech vrátil z Ameriky, aby společně se svou sestrou Zdenkou Zámišovou vedl podnik svých prarodičů až do roku 2005, kdy mlýn prodal. V současné době mlýn provozuje společnost Český mlynář s.r.o. Dnešní semelek mlýna činí zhruba 2600 tun měsíčně.
Český mlynář má vesměs stálé zákazníky, kterým se snaží zajistit nejlepší služby ve vysoké kvalitě. Mezi zákazníky firmy patří například pekárny Frydrich Říčany, Hankovec v Kolíně, kolínská chlebová pekárna 3B Tip Praha, kutnohorská pekárna Benešova, Hradecká pekárna, pekárna DK OPEN a mnoho dalších. Mlýn vyrábí výběrové druhy mouky, z nichž o vynikající hrubou mouku má zájem velké množství výrobců knedlíků a těstovin, dětskou a hrubou krupici, ale i krmiva ke krmení hospodářských zvířat nebo k výrobě granulí.
V polovině roku 2010 do společnosti Český mlynář s.r.o. vstoupil strategický zahraniční investor, což přináší posílení ekonomického a finančního potenciálu a v období celosvětové ekonomické krize je současně garantem hospodářské stability společnosti pro stávající i nové obchodní partnery. Toto spojení zároveň otevírá možnost dalšího rozvoje formou postupné expanze na zahraničních trzích. Vedení firmy předpokládá, že nastolené obchodní pozice, strategie a stabilita zajistí, že vyráběný sortiment si najde snáze a efektivněji cestu ke konečnému tuzemskému i zahraničnímu spotřebiteli s využitím obchodního označení výrobků CzechMill. Výhledově zvoleným postupem společnost nejen upevní a obhájí své obchodní postavení, ale docílí celkový rozvoj s nárůstem hospodářského vlivu.
